Ayatollah Ali Khameni menolong memajukan penyelidikan dan pembangunan sains dan teknologi. Beliau merupakan antara ulama yang terawal membenarkan penyelidikan sel tunjang dan juga klon terapeutik.[5] Pada tahun 2004, beliau berkata bahawa pembangunan sesebuah negara bergantung kepada pelaburan negara itu dalam bidang sains dan teknologi. Selain itu, beberapa cendekiawan dan saintis diarahkan untuk membantu bakat-bakat baru dalam bidang sains bagi memastikan Iran terus maju dalam sains.[6]

Pada tahun 2007 pula, pemimpin agung ini mengarahkan agar badan-badan kerajaan diswastakan yang dimana tindakan ini bertentangan dengan perkara 44 perlembagaan Iran. Ayatollah Ali juga mencadangkan agar hak pemilikan haruslah dilindungi mahkamah bagi memastikan keselamatan dan menggalakkan pelaburan.[7]